过去的京城，有“内九外七皇城四”的说法。就是说，内城分别由九门司出入，这九门是以皇宫正南为界，左右分布着各大衙署，我们熟知的六大部、都察院、大理寺都在这里。而正南就是正阳门，即今天的前门，东西分别是崇文门、宣武门。向北东西对称，朝阳门对阜成门，东直门对西直门。北边是德胜门对安定门。内城是国家办公区。
在康熙朝满文朱批奏折中，可见隆科多除完成本职任务外，也办康熙交给的机密事情，如囚禁大阿哥允禔、废太子允礽等事。康熙五十九年，隆科多又兼理藩院尚书，仍然担任九门提督。保证皇帝的绝对安全，是九门提督的首要职责。
隆科多因为什么与雍亲王交结并最终在关键时刻倒向雍正？这又是一个谜案。这里有几个问题需要厘清。
第一，隆科多什么时间倒向雍正？
雍正帝即位初，在给年羹尧的朱批中说：
舅舅隆科多，此人朕与尔先前不但不深知他，真正大错了。此人真圣祖皇考忠臣、朕之功臣、国家良臣，真正当代第一超群拔类之稀有大臣也。--雍正朱批年羹尧奏折
有人认为，这是雍正为调和年羹尧与隆科多二人的关系，故意把隆科多拔得很高。但这是雍正即位后第一次与年羹尧的通信，时间是雍正元年正月。雍正即位后与年羹尧尚未见面，当时年羹尧不可能有藐视隆科多的事。而“此人朕与尔先前不但不深知他，真正大错了”一句，很有深义，说明雍正与年羹尧以前没有特别注意到隆科多。“大错了”是什么意思？因为没有深知？还是隆科多做出了让雍正刮目相看的事情？联系后面所说的“朕之功臣”，应该含有“悔之晚矣”的意思，正面表达是及早发现才是。这说明，隆科多最终倒向雍正，成为“朕之功臣”，是不久的事情，具体说是康熙去世前隆科多选择了雍正，而不是其他皇子。
第二，隆科多什么时机倒向雍正？
雍正与隆科多必须有单独且密集接触的机会，而这个机会就是由雍亲王领衔，带领隆科多等人一道盘查京通各仓。清代运抵京师的漕粮，收贮于仓场。……仓场在京城、通州共有十四仓，统称“京通十四仓”。
这项工作非常琐碎，经过九天的紧张工作，到十月十八日，众人将通州西、中、南3仓，共376廒全部盘查完毕，并向康熙奏报。通州盘查完毕后，第二天查弼那外放两江总督。盘查开始转向京仓，人员也减少为五人。又经过18天的工作，到十一月初六日，查勘京城海运8仓、清河本裕1仓，共562廒。当天，雍亲王带领查仓人员向南苑行围中的康熙帝汇报。第二天，康熙帝得病，自南苑回驻畅春园。
以上雍亲王奏报与延信密奏，在时间、地点、具体事项，特别是康熙患病时间上，完全吻合。
按常理说，雍亲王应该把京城11仓全部盘查完毕，才向康熙奏报。当时还有三仓没有盘查，就向康熙奏报，是否雍亲王提前得知康熙的身体“出了状况”？
查仓工作由雍亲王牵头，他是负责人，因此他可以利用这一机会，把工作分成两三个组，分头查仓，而故意把隆科多分派在自己一组。因此，两人单独接触的机会很多，时间很长。可以推想，隆科多就在此时，在雍亲王的威胁利诱下，决定归附雍亲王。研究者认为，他们可能对当时的形势做了推测，约定以后要见机行事，共同行动。否则，雍亲王无法做到在康熙明确下旨，不让任何人进畅春园请安，甚至连国家政务都明令停止的情况下，能够每日三番五次到畅春园“请安”，特别是康熙临终当天，雍亲王五次进寝宫，毫无疑问，是隆科多帮助。孟森先生说：“隆科多之侍疾，可以独承专责，不足怪也。”
第三，隆科多为什么要背叛康熙？
允禵完成驱准保藏后，回到京城，受到隆重迎接，但康熙并没有明确宣布立允禵为皇太子。这可能让隆科多产生观望，雍亲王乘虚而入。而隆科多在最关键的时候背叛康熙，是因为康熙没有让他继承父亲的爵位。
康熙五十八年二月，隆科多的父亲佟国维去世后，宗人府以其子承袭公爵请旨，被康熙帝留中，直到去世都未指定承袭人。隆科多未能承袭父爵，可能因此对康熙产生不满。
另外，在重大利益面前，人的选择大多是趋利避害。可以推想，隆科多拥戴十四子允禵，由于同允禩、允禟等人已有积怨，非但不能换取特殊回报，仕途也不容乐观，而拥戴雍亲王，则会是另外一种结果。孟森说“隆科多独出此道，以博非常之富贵”，大概也是从时局的判断得出。
在以上情况下，隆科多最终帮助雍亲王入主大内成为一代帝君，他本人也得到非常之回报。
为什么不招摇的隆科多也受到整肃
在雍正即位后的近三年间，隆科多究竟为雍正做了什么？由于他参与密忽，迹近卧榻，所做的事情，几乎很少记载。有传言说，他经常陪雍正喝酒，雍正酒量极好，经常把隆科多喝得人事不省，雍正方令人把他抬出，而雍正自己还照常处理政务。从雍正即位后第一次朱批年羹尧的话看，隆科多毫无疑问参与机密，他与年羹尧一样，是雍正初年的台柱子，所以雍正称他为稀有大臣。但隆科多究竟做了什么？大概是稳定政局、收拾反对雍正的人。由于他身任步军统领，又是总理大臣，由此可以想见，他与雍正常常密谋机密事情。雍正给年羹尧的朱批，经常有“除怡亲王、舅舅外，再不令一人知道”，就是说的这种情形。
与年羹尧张扬的个性不同，隆科多经历了太多惊心动魄的事，因此为官谨慎，在给雍正的奏折中，都用“舅舅奴才隆科多”这样谦卑的称谓。以他同雍正的交往和对雍正的了解，即便一时受到无比的宠信，他也不相信雍正会永远信任他。与年羹尧似乎要效力到底不一样，隆科多与雍正好像只是利用关系，是临时的合作和组合，因此他早就把财产转移到西山和亲属家中。他说过“白帝城之日”，就是死期已至之时。
雍正四年正月，年羹尧刚被赐死，隆科多成为“宠臣”中排在第一号的整治对象。但由于除掉允禩等反对力量迫在眉睫，雍正派隆科多去阿尔泰岭，与策妄阿拉布坦议定准噶尔与喀尔喀的游牧边界，之后再与俄罗斯划定边界。雍正明确对大学士、九卿说：隆科多有种种罪恶，应置重典，如果此次他能实心任事，朕必宽宥其罪；如果心怀叵测，朕必将他治罪。
雍正给隆科多派的这个“差”是“长差”，也是“边差”，用意是先把他挂起来，何时需要整治他，再让他回来。其次，让他远离京城，到边远之地，隔断他与朝中的联系。再次，就是让大臣放手揭发隆科多的问题，为将来整治做好准备。雍正的政治智慧确实高超
雍正五年闰三月，“私藏玉牒”案发，这回隆科多躲不掉了。原来，辅国公阿布兰将玉牒底本交给隆科多，隆科多誊录了一份清本，收藏在家，被人举发。玉牒是有关皇族的私密档案，皇家人的生卒、名封、谥葬等信息，备载无遗。平民百姓叫“家谱”，皇家尊贵，都是金枝玉叶，故称为“玉牒”。隆科多比雍正年长十岁左右，是康熙朝仅存的几个老臣之一。由于这个家族与皇室的关系，特别是隆科多在康、雍两朝的特殊身份，使得他能了解并清楚皇家的“根脉”。雍正在清除反对者的过程中，宗室王公大多牵连其中，而雍正不时把这些人开除宗籍，允禩、允禟、苏努等都是如此。这样的话，玉牒要及时修改。雍正在这一过程中，难保不把宗室，特别是他惩治的诸位阿弟的重要信息，加以篡改。如我们熟知的，在《清实录》里，康熙的第十四子写作“允”，但在允禩儿子弘旺的《皇朝通志大纲》中，明确写作“胤祯”。有研究者查阅康熙朝的五修“玉牒”，康熙三十六年、四十五年“玉牒”，十四子写作“胤”，雍正二年所修“玉牒”，也写作“胤”，以此“证明”雍正没有“篡改”。但雍正如果心中没有“鬼”，何必为玉牒之事大张挞伐？又何以证明雍正没有篡改？有学者认为，雍正极有可能篡改了玉牒中重要信息，隆科多发现后，将之作为挟制雍正的筹码。这当然为雍正所不容。
到了十月，顺承郡王锡保等遵旨审奏隆科多罪案四十一款，包括大不敬之罪五、欺罔之罪四、紊乱朝政之罪三、奸党之罪六、不法之罪七、贪婪之罪十六。
对刑部等拟定的罪行，雍正最在意的是康熙去世时，隆科多并不在御前一款。因为如此一来，等于雍正即位是“自立”，因此他特别召议政王大臣、内阁、九卿等，发布谕旨说：隆科多所犯四十一款重罪，实不容诛，但皇考升遐之日，召朕之诸兄弟及隆科多入见，面降谕旨，以大统付朕，是大臣之内承旨者唯隆科多一人。今因罪诛戮，虽于国法允当，而朕心则有所不忍。隆科多免其正法，于畅春园外附近空地，造屋三间，永远禁锢。赃银数十万，从家产中追完。
雍正为什么把隆科多囚禁在畅春园？有人认为，这是因为隆科多对康熙有罪，假传诏旨，雍正要他反省。而这个罪可能就是隐匿康熙遗诏。隆科多监押在畅春园不久，雍正又审理宗室贝勒延信的20大罪，与隆科多在一处监禁。次年六月，隆科多死于禁所。
