1541年4月，普鲁士公爵阿尔布雷希特（Hohenzollern-Ansbach，1490—1568）有一件烦心事。
原来他的得力大将老库恩海姆（Kunheim der Ältere，1480？—1543）病入膏肓，虽然请了很多医生、用了形形色色的药剂，都无济于事。公爵不忍心失去这位肱股之臣，于是做了一个艰难的决定：去请一位敌视自己的名医。
他的名字是尼古拉·哥白尼（Nicolaus Copernicus，1473—1543）。
哥白尼
今天大家都知道哥白尼是伟大的天文学家和数学家，是《天体运行论》的作者和日心说的倡导者，但其实他是一位博学通才，有多种身份，包括行政官僚、外交官、神学家、翻译家、经济学家，以及医生。他曾在享誉全欧的意大利帕多瓦大学学医，是连续多位瓦尔米亚（英语Warmia，德语Ermland，在今天波兰的北部）主教的“御医”，医术闻名遐迩。但哥白尼素来敌视阿尔布雷希特公爵及其国家，并且哥白尼是虔诚的天主教徒，对信奉新教的公爵没有好感，所以公爵担心他不肯来。
不过哥白尼的医德值得赞颂，并且他与库恩海姆有过交情，所以毫不犹豫地来到普鲁士首府柯尼斯堡，为命悬一线的库恩海姆精心医治。一个月后，库恩海姆的身体逐渐恢复。在这一个月里，哥白尼与公爵也尽弃前嫌，因为哥白尼发现公爵并不是自己原本想象中的恶人，还与自己有许多文化方面的共同爱好。
1541年，哥白尼给库恩海姆提供医疗建议的德文信
回家之后，哥白尼医生仍然在相当长一段时间里继续写信给库恩海姆，给他提供健康方面的建议。
哥白尼与普鲁士有着难解之缘。他的家乡西普鲁士当时属于波兰王国，而他的好几位长辈以及他本人都曾与普鲁士公国（也叫东普鲁士）为敌。至于普鲁士公国的前身——条顿骑士团，更是与哥白尼紧密交织。
条顿骑士团与普鲁士
为了理解东欧的这段错综复杂的历史，我们不妨介绍一下普鲁士的渊源，解释一下“普鲁士”这个概念在不同历史时期的不同涵义。
今天我们说到“普鲁士”，可能马上想到弗里德里希大王、霍亨索伦王室、德国军国主义等等，但其实在最初，“普鲁士”和德意志一点关系都没有。
普鲁士人原本是波罗的海沿岸地区的一个小民族，其经济和社会发展相对于西欧来说比较落后。12和13世纪，德意志和波兰都已经发展出封建国家的时候，普鲁士人还是分成若干个部落和氏族，没有统一的政权，并且信奉万物有灵的原始宗教。
普鲁士人和他们东面的邻居立陶宛人与拉脱维亚人一样，属于波罗的海民族。普鲁士语现已消亡，和立陶宛语、拉脱维亚语属于同一个语族，即波罗的海语族。
普鲁士的西面是信奉基督教的波兰人，他们不断与普鲁士人发生冲突，并于1226年邀请德意志人组成的军事修会“条顿骑士团”前来一同讨伐普鲁士人，并向这片“野蛮人的土地”传教。条顿骑士团（在其他基督徒十字军的帮助下）花了几十年时间，借助残酷的武力征服了普鲁士。普鲁士民族逐渐被同化或消亡。条顿骑士团鸠占鹊巢，建立起自己的国家，即“骑士团国”，并成为波罗的海沿海的一大强权。
与此同时，原本处于割据混战状态的波兰逐渐统一并崛起，并且与新近皈依基督教的立陶宛联合。波兰-立陶宛成为波罗的海沿海的另一大强权。它与条顿骑士团不断发生摩擦，发生大冲突只是时间问题。
1410年7月15日，在坦能堡（Tannenberg）和格伦瓦德（Grunwald）这两个村庄（都在今天的波兰北部）之间的田野上爆发了一场大战。条顿骑士团军队被波兰-立陶宛军队打败。大团长乌尔里希·冯·容金根（Ulrich von Jungingen，1360？—1410）阵亡。此役是条顿骑士团历史的转折点。但在最终灭亡之前，骑士团还要经历一个缓慢的走下坡路的过程。
在坦能堡战役中战败身死的大团长乌尔里希•冯•容金根
1410年的条顿骑士团国家
条顿骑士团并非被波兰-立陶宛一口气吃掉，而是缓慢地毁于内乱和外战。坦能堡大战之后骑士团的威信一落千丈，国家在衰落的道路上一发不可收拾，苛捐杂税和对民众的压制更是令人不堪忍受。骑士团治下的各城市有相对较强的经济实力，却没有与之匹配的政治权力。因此骑士团的很多臣民对它越来越不满。
现代乌克兰画家Артур Орльонов笔下的坦能堡战役
十三年战争
1440年2月21日，普鲁士的53名贵族与教士和19座城市（包括但泽、柯尼斯堡、埃尔宾、托伦等）的代表在马林韦尔德（Marienwerder，今天在波兰北部的滨海省，波兰语名字是克维曾）集会，反对条顿骑士团的专横统治。这些人组成了“普鲁士联盟”。骑士团的臣民开始“造反”。
1452年，普鲁士联盟请求神圣罗马皇帝弗里德里希三世调停联盟与骑士团之间的矛盾，但皇帝命令他们服从骑士团。于是，联盟寻找别的方面的支持。
1454年2月，普鲁士联盟领导人约翰·冯·拜森（Johann von Baysen，1390？—1459）正式请求波兰国王卡齐米日四世·雅盖沃（Casimir IV Jagiellon，1427—1492）将普鲁士接纳为波兰的一部分，这标志着“十三年战争”（1454—1466）开始。在这场战争中，普鲁士联盟和波兰为一方，条顿骑士团为另一方。
十三年战争期间的一场战役
值得注意的是，我们很难说这场战争是德意志人和波兰人之间的民族冲突（这是19和20世纪一些民族主义历史学家的观点），因为反对骑士团的很多市民是说德语的，哥白尼家族就是如此。
这场漫长的混战给普鲁士土地和居民带来了深重的灾难。最后各方都力量不支，研究条顿骑士团的美国历史学家威廉·厄本（William Urban）描述战争末期的局面为“弱鸡互啄”。等到大家都奄奄一息的时候，终于坐下来议和。1466年，各方签订了《第二次托伦和约》。骑士团国的西半部分被割让给波兰王国，从此这些土地被称为“王室普鲁士”或“波属普鲁士”或“西普鲁士”。骑士团保留了东半部分，即“东普鲁士”，虽然要向波兰国王称臣，但实际上仍然是高度自治的政治实体。
随后几十年里，条顿骑士团苟延残喘。
哥白尼家族
1473年2月19日，尼古拉·哥白尼出生于西普鲁士的托伦城（德语Thorn，波兰语Toruń），兄妹四人，他排行第三。当时西普鲁士的市民大多是说德语的，哥白尼家也不例外。他的父亲老尼古拉是出身于克拉科夫的黄铜商人，是有头有脸的人物，在1454年曾担当波兰枢机主教奥莱希尼茨基（Zbigniew Oleśnicki，1389—1455）与普鲁士一些城市之间的谈判的调停人。大约1458年，老尼古拉搬到托伦，当时托伦正是“十三年战争”的焦点，托伦市民支持波兰国王卡齐米日四世，国王则承诺尊重托伦城一贯的高度自治权。
老尼古拉的妻子，即天文学家哥白尼的母亲芭芭拉·瓦岑罗德（Barbara Watzenrode）出身于托伦城的权贵之家。她的母亲出身于波兰人的名门望族，父亲瓦岑罗德（Lucas Watzenrode the Elder，1400—1462）是富商和托伦市议员，坚决反对条顿骑士团。1453年，老卢卡斯参加了普鲁士联盟密谋起事反对骑士团的会议。在“十三年战争”期间，他自掏腰包支持普鲁士各城市反抗骑士团的斗争，因此损失了不少财产。他积极参与托伦和但泽的政治，还亲身参加了一些战斗。
芭芭拉的哥哥小卢卡斯·瓦岑罗德（Lucas Watzenrode the Younger，1447—1512），即天文学家哥白尼的舅舅，后来成为瓦尔米亚主教，是有权有势的一方诸侯，所以能资助哥白尼去意大利留学，并一直栽培和扶助他。小卢卡斯曾在克拉科夫大学（今天的雅盖沃大学）、科隆大学和博洛尼亚大学受教育。他也是条顿骑士团的死敌，曾被大团长怒斥为“魔鬼的化身”。小卢卡斯与连续好几代波兰国王都交情甚笃，是王室的朋友和谋臣。他促进了瓦尔米亚与波兰之间联系的加深。
哥白尼的舅舅和提携者小卢卡斯•瓦岑罗德
在舅舅资助下，哥白尼在克拉科夫大学、博洛尼亚大学、帕多瓦大学和费拉拉大学读书，获得教会法博士学位，也花费很大力气去研究自然科学。三十岁那年，他结束学业，从意大利回国，在瓦尔米亚度过了余生的四十年（只有少数几次短暂的旅行去克拉科夫和普鲁士一些地方）。他担任舅舅的秘书、医生和谋臣，陪同舅舅参加西普鲁士的议会，并参与政治，维护西普鲁士（尤其是瓦尔米亚）的利益，反对条顿骑士团，支持波兰王室。舅舅去世后，他又为后续几任瓦尔米亚主教效力。
城防司令哥白尼
1512年，哥白尼在瓦尔米亚的海港城镇弗龙堡 （德语Frauenburg，波兰语Frombork，）定居并从事科学研究。
此时东欧的政治形势错综复杂。《第二次托伦和约》签署之后，条顿骑士团仍然不甘心丧失了西普鲁士，因此不断袭掠当地（包括瓦尔米亚）。1511年，来自德意志名门望族霍亨索伦家族的阿尔布雷希特·冯·霍亨索伦-安斯巴赫当选为大团长。1519年，波兰-立陶宛和莫斯科大公国之间爆发战争，阿尔布雷希特趁机与莫斯科大公国结盟，向波兰发动进攻。他的目的之一是吞并（或者说收复）瓦尔米亚。
阿尔布雷希特取得了一些胜利，但俄国人承诺的经济援助迟迟不能到位，所以骑士团无力支付军饷。不过波兰国王齐格蒙特一世（Sigismund I，1467—1548，卡齐米日四世的儿子）几面受敌，所以只能抽出很少兵力去普鲁士对付骑士团。这些兵力不足以长时间遏制骑士团的军队。大团长的军队蹂躏西普鲁士，收复了一些地区。波兰军队终于集中力量来对付骑士团的时候，还带来了鞑靼人、波西米亚雇佣兵和优秀的炮兵。但他们兵力不足，无法攻克阿尔布雷希特的要塞。但大团长知道，如果波兰人派强大的军队北上，他就完了；并且他看到自己新征服土地上的臣民早就处于赤贫的状态，无法为他的军队提供粮草，也无力纳税。于是他主动在1521年与波兰签订停战协定。
在这场短暂战争期间，哥白尼作为瓦尔米亚主教区的官员之一，坚决主张与波兰王室合作，抵抗条顿骑士团，还建议将瓦尔米亚的货币与波兰货币统一。他明确地认为自己是波兰王国的臣民。
1520年1月，条顿骑士团袭击弗龙堡 ，哥白尼的房子遭到破坏，他的一些天文器材可能在这个时期被毁。于是他不得不搬迁到奥尔什丁 （波兰语Olsztyn，德语名字是Allenstein，阿伦施泰因 ）。奥尔什丁也受到骑士团军队的威胁，哥白尼奉命指挥守城。他组织守军和市民修理了城防工事，储备粮草和其他物资，准备迎战敌人。
此时他手下的士兵只有100人。于是他写信给波兰国王，请求支援。但这封信被骑士团截获。不过齐格蒙特一世从其他渠道得知了奥尔什丁的困境，派来了一名捷克裔军官指挥的100名士兵。不久之后又有700名骑兵前来支援哥白尼。他还写信给埃尔宾城（Elbing，今天在波兰北部，波兰语名字是埃尔布隆格）求援，得到了一批物资和16门火炮。
1521年1月16日，骑士团军队杀到，有400步兵、600重骑兵、400轻骑兵和若干火炮。他们炫耀武力，威吓守军，要求对方投降，被哥白尼一口拒绝。1月26日，骑士团军队发动进攻，越过冰冻的护城河，逼近城墙，企图打守军一个措手不及，但波兰士兵及时堵住了缺口。哥白尼本人可能也登上城头，指挥作战。骑士团军队被打退。2月底，更多波兰援军来到奥尔什丁，骑士团军队不得不放弃攻城。在不久之后的和谈中，哥白尼担当波兰方面的代表。
条顿骑士团变成普鲁士公国
马丁·路德引领的宗教改革在德意志风起云涌之后，新教思想也很快传到了东西两个普鲁士。哥白尼的熟人和同僚当中就有不少人皈依了新教。而条顿骑士团的最终命运与宗教改革紧密相连。
阿尔布雷希特大团长于1522年访问纽伦堡，向神圣罗马帝国诸侯请求金钱支援，结果白跑一趟。但他显然在那里受到了路德教义的很大影响。1523年初，马丁·路德专门向条顿骑士团发表声明，“请求条顿骑士团的领主们停止虚假的守贞”。
条顿骑士团是军事修会，意味着骑士们有修士的身份，是神职人员，所以根据天主教会的规矩必须守贫、守贞。但在此时，北德的很多主教已经追随路德的教导，娶妻生子。阿尔布雷希特大胆地将骑士团国世俗化，建立普鲁士公国，他本人成为首任公爵。并且他还皈依了新教。本文开始时提到的库恩海姆在普鲁士公国放弃天主教、皈依新教的过程中发挥了很大作用。值得一提的是，库恩海姆的儿媳是马丁·路德的女儿。
普鲁士的骑士、各城市和贵族决定性地支持阿尔布雷希特改信新教、结婚并将骑士团国家世俗化，波兰国王也同意了。骑士团国家的世俗化是一石二鸟，解决了两个问题：没收剩余的教会财产能让大团长偿清债务；并且东普鲁士可以被纳入波兰王国，让它与波兰国王建立和平的、互相之间没有威胁的关系。1525年4月10日，阿尔布雷希特公爵在克拉科夫向波兰国王齐格蒙特一世（也是阿尔布雷希特的舅舅）宣誓效忠。19世纪波兰民族主义画家扬·马泰伊科（Jan Matejko，1838—1893）的油画让这个场景不朽。这也是最伟大的波兰油画之一。
扬•马泰伊科的油画《普鲁士称臣》
西普鲁士当初被吸纳进波兰国家的时候就保存了很强的独立性，而东普鲁士如今融入波兰国家的程度更低。公爵维持自己的军队、货币和议会，并且有相对独立的外交政策。行政体系几乎没有任何变化，之前的法律仍然有效。
1618年，当时的普鲁士公爵没有子嗣，于是让霍亨索伦家族的另外一支，勃兰登堡选帝侯继承了普鲁士公国。于是勃兰登堡和普鲁士的命运联系在一起。这两块领土组成了近代的军事强国普鲁士王国的核心部分。
哥白尼是德意志人还是波兰人？
最后值得一提的是哥白尼的民族问题。关于哥白尼是波兰人还是德意志人，历来有很多争议，尤其是在民族主义者的圈子里。
他出生于西普鲁士，当时的西普鲁士是波兰王国的一个拥有高度自治权的地区。他的父母都是说德语的，他自己也以德语为母语。我们知道他懂波兰语，但他的著作都是拉丁文或德文的，没有波兰文作品保存至今。一个主要原因是当时的波兰文学语言还没有发展成熟。他在意大利的博洛尼亚大学读书时注册加入了“德意志学生社团”，但当时来自普鲁士或西里西亚的学生通常都加入该社团，而不管他们的民族认同。他的家族一贯反对条顿骑士团，积极支持波兰王室。但值得注意的是，西普鲁士居民同样也抵制波兰国王加强对其控制的企图，捍卫自己的自治权。
实际上，当时还没有今天人们熟悉的民族观念。英国历史学家诺曼·戴维斯（Norman Davies）指出，哥白尼和当时的大多数人一样，对民族问题大体上是不以为意的，并不用民族认同来定义自己，而是认为自己是“普鲁士人”；我们可以说哥白尼是德意志人，也可以说他是波兰人，但如果用现代民族主义者的视角来看，他既不是德意志人也不是波兰人。
原来他的得力大将老库恩海姆（Kunheim der Ältere，1480？—1543）病入膏肓，虽然请了很多医生、用了形形色色的药剂，都无济于事。公爵不忍心失去这位肱股之臣，于是做了一个艰难的决定：去请一位敌视自己的名医。
他的名字是尼古拉·哥白尼（Nicolaus Copernicus，1473—1543）。
哥白尼
今天大家都知道哥白尼是伟大的天文学家和数学家，是《天体运行论》的作者和日心说的倡导者，但其实他是一位博学通才，有多种身份，包括行政官僚、外交官、神学家、翻译家、经济学家，以及医生。他曾在享誉全欧的意大利帕多瓦大学学医，是连续多位瓦尔米亚（英语Warmia，德语Ermland，在今天波兰的北部）主教的“御医”，医术闻名遐迩。但哥白尼素来敌视阿尔布雷希特公爵及其国家，并且哥白尼是虔诚的天主教徒，对信奉新教的公爵没有好感，所以公爵担心他不肯来。
不过哥白尼的医德值得赞颂，并且他与库恩海姆有过交情，所以毫不犹豫地来到普鲁士首府柯尼斯堡，为命悬一线的库恩海姆精心医治。一个月后，库恩海姆的身体逐渐恢复。在这一个月里，哥白尼与公爵也尽弃前嫌，因为哥白尼发现公爵并不是自己原本想象中的恶人，还与自己有许多文化方面的共同爱好。
1541年，哥白尼给库恩海姆提供医疗建议的德文信
回家之后，哥白尼医生仍然在相当长一段时间里继续写信给库恩海姆，给他提供健康方面的建议。
哥白尼与普鲁士有着难解之缘。他的家乡西普鲁士当时属于波兰王国，而他的好几位长辈以及他本人都曾与普鲁士公国（也叫东普鲁士）为敌。至于普鲁士公国的前身——条顿骑士团，更是与哥白尼紧密交织。
条顿骑士团与普鲁士
为了理解东欧的这段错综复杂的历史，我们不妨介绍一下普鲁士的渊源，解释一下“普鲁士”这个概念在不同历史时期的不同涵义。
今天我们说到“普鲁士”，可能马上想到弗里德里希大王、霍亨索伦王室、德国军国主义等等，但其实在最初，“普鲁士”和德意志一点关系都没有。
普鲁士人原本是波罗的海沿岸地区的一个小民族，其经济和社会发展相对于西欧来说比较落后。12和13世纪，德意志和波兰都已经发展出封建国家的时候，普鲁士人还是分成若干个部落和氏族，没有统一的政权，并且信奉万物有灵的原始宗教。
普鲁士人和他们东面的邻居立陶宛人与拉脱维亚人一样，属于波罗的海民族。普鲁士语现已消亡，和立陶宛语、拉脱维亚语属于同一个语族，即波罗的海语族。
普鲁士的西面是信奉基督教的波兰人，他们不断与普鲁士人发生冲突，并于1226年邀请德意志人组成的军事修会“条顿骑士团”前来一同讨伐普鲁士人，并向这片“野蛮人的土地”传教。条顿骑士团（在其他基督徒十字军的帮助下）花了几十年时间，借助残酷的武力征服了普鲁士。普鲁士民族逐渐被同化或消亡。条顿骑士团鸠占鹊巢，建立起自己的国家，即“骑士团国”，并成为波罗的海沿海的一大强权。
与此同时，原本处于割据混战状态的波兰逐渐统一并崛起，并且与新近皈依基督教的立陶宛联合。波兰-立陶宛成为波罗的海沿海的另一大强权。它与条顿骑士团不断发生摩擦，发生大冲突只是时间问题。
1410年7月15日，在坦能堡（Tannenberg）和格伦瓦德（Grunwald）这两个村庄（都在今天的波兰北部）之间的田野上爆发了一场大战。条顿骑士团军队被波兰-立陶宛军队打败。大团长乌尔里希·冯·容金根（Ulrich von Jungingen，1360？—1410）阵亡。此役是条顿骑士团历史的转折点。但在最终灭亡之前，骑士团还要经历一个缓慢的走下坡路的过程。
在坦能堡战役中战败身死的大团长乌尔里希•冯•容金根
1410年的条顿骑士团国家
条顿骑士团并非被波兰-立陶宛一口气吃掉，而是缓慢地毁于内乱和外战。坦能堡大战之后骑士团的威信一落千丈，国家在衰落的道路上一发不可收拾，苛捐杂税和对民众的压制更是令人不堪忍受。骑士团治下的各城市有相对较强的经济实力，却没有与之匹配的政治权力。因此骑士团的很多臣民对它越来越不满。
现代乌克兰画家Артур Орльонов笔下的坦能堡战役
十三年战争
1440年2月21日，普鲁士的53名贵族与教士和19座城市（包括但泽、柯尼斯堡、埃尔宾、托伦等）的代表在马林韦尔德（Marienwerder，今天在波兰北部的滨海省，波兰语名字是克维曾）集会，反对条顿骑士团的专横统治。这些人组成了“普鲁士联盟”。骑士团的臣民开始“造反”。
1452年，普鲁士联盟请求神圣罗马皇帝弗里德里希三世调停联盟与骑士团之间的矛盾，但皇帝命令他们服从骑士团。于是，联盟寻找别的方面的支持。
1454年2月，普鲁士联盟领导人约翰·冯·拜森（Johann von Baysen，1390？—1459）正式请求波兰国王卡齐米日四世·雅盖沃（Casimir IV Jagiellon，1427—1492）将普鲁士接纳为波兰的一部分，这标志着“十三年战争”（1454—1466）开始。在这场战争中，普鲁士联盟和波兰为一方，条顿骑士团为另一方。
十三年战争期间的一场战役
值得注意的是，我们很难说这场战争是德意志人和波兰人之间的民族冲突（这是19和20世纪一些民族主义历史学家的观点），因为反对骑士团的很多市民是说德语的，哥白尼家族就是如此。
这场漫长的混战给普鲁士土地和居民带来了深重的灾难。最后各方都力量不支，研究条顿骑士团的美国历史学家威廉·厄本（William Urban）描述战争末期的局面为“弱鸡互啄”。等到大家都奄奄一息的时候，终于坐下来议和。1466年，各方签订了《第二次托伦和约》。骑士团国的西半部分被割让给波兰王国，从此这些土地被称为“王室普鲁士”或“波属普鲁士”或“西普鲁士”。骑士团保留了东半部分，即“东普鲁士”，虽然要向波兰国王称臣，但实际上仍然是高度自治的政治实体。
随后几十年里，条顿骑士团苟延残喘。
哥白尼家族
1473年2月19日，尼古拉·哥白尼出生于西普鲁士的托伦城（德语Thorn，波兰语Toruń），兄妹四人，他排行第三。当时西普鲁士的市民大多是说德语的，哥白尼家也不例外。他的父亲老尼古拉是出身于克拉科夫的黄铜商人，是有头有脸的人物，在1454年曾担当波兰枢机主教奥莱希尼茨基（Zbigniew Oleśnicki，1389—1455）与普鲁士一些城市之间的谈判的调停人。大约1458年，老尼古拉搬到托伦，当时托伦正是“十三年战争”的焦点，托伦市民支持波兰国王卡齐米日四世，国王则承诺尊重托伦城一贯的高度自治权。
老尼古拉的妻子，即天文学家哥白尼的母亲芭芭拉·瓦岑罗德（Barbara Watzenrode）出身于托伦城的权贵之家。她的母亲出身于波兰人的名门望族，父亲瓦岑罗德（Lucas Watzenrode the Elder，1400—1462）是富商和托伦市议员，坚决反对条顿骑士团。1453年，老卢卡斯参加了普鲁士联盟密谋起事反对骑士团的会议。在“十三年战争”期间，他自掏腰包支持普鲁士各城市反抗骑士团的斗争，因此损失了不少财产。他积极参与托伦和但泽的政治，还亲身参加了一些战斗。
芭芭拉的哥哥小卢卡斯·瓦岑罗德（Lucas Watzenrode the Younger，1447—1512），即天文学家哥白尼的舅舅，后来成为瓦尔米亚主教，是有权有势的一方诸侯，所以能资助哥白尼去意大利留学，并一直栽培和扶助他。小卢卡斯曾在克拉科夫大学（今天的雅盖沃大学）、科隆大学和博洛尼亚大学受教育。他也是条顿骑士团的死敌，曾被大团长怒斥为“魔鬼的化身”。小卢卡斯与连续好几代波兰国王都交情甚笃，是王室的朋友和谋臣。他促进了瓦尔米亚与波兰之间联系的加深。
哥白尼的舅舅和提携者小卢卡斯•瓦岑罗德
在舅舅资助下，哥白尼在克拉科夫大学、博洛尼亚大学、帕多瓦大学和费拉拉大学读书，获得教会法博士学位，也花费很大力气去研究自然科学。三十岁那年，他结束学业，从意大利回国，在瓦尔米亚度过了余生的四十年（只有少数几次短暂的旅行去克拉科夫和普鲁士一些地方）。他担任舅舅的秘书、医生和谋臣，陪同舅舅参加西普鲁士的议会，并参与政治，维护西普鲁士（尤其是瓦尔米亚）的利益，反对条顿骑士团，支持波兰王室。舅舅去世后，他又为后续几任瓦尔米亚主教效力。
城防司令哥白尼
1512年，哥白尼在瓦尔米亚的海港城镇弗龙堡 （德语Frauenburg，波兰语Frombork，）定居并从事科学研究。
此时东欧的政治形势错综复杂。《第二次托伦和约》签署之后，条顿骑士团仍然不甘心丧失了西普鲁士，因此不断袭掠当地（包括瓦尔米亚）。1511年，来自德意志名门望族霍亨索伦家族的阿尔布雷希特·冯·霍亨索伦-安斯巴赫当选为大团长。1519年，波兰-立陶宛和莫斯科大公国之间爆发战争，阿尔布雷希特趁机与莫斯科大公国结盟，向波兰发动进攻。他的目的之一是吞并（或者说收复）瓦尔米亚。
阿尔布雷希特取得了一些胜利，但俄国人承诺的经济援助迟迟不能到位，所以骑士团无力支付军饷。不过波兰国王齐格蒙特一世（Sigismund I，1467—1548，卡齐米日四世的儿子）几面受敌，所以只能抽出很少兵力去普鲁士对付骑士团。这些兵力不足以长时间遏制骑士团的军队。大团长的军队蹂躏西普鲁士，收复了一些地区。波兰军队终于集中力量来对付骑士团的时候，还带来了鞑靼人、波西米亚雇佣兵和优秀的炮兵。但他们兵力不足，无法攻克阿尔布雷希特的要塞。但大团长知道，如果波兰人派强大的军队北上，他就完了；并且他看到自己新征服土地上的臣民早就处于赤贫的状态，无法为他的军队提供粮草，也无力纳税。于是他主动在1521年与波兰签订停战协定。
在这场短暂战争期间，哥白尼作为瓦尔米亚主教区的官员之一，坚决主张与波兰王室合作，抵抗条顿骑士团，还建议将瓦尔米亚的货币与波兰货币统一。他明确地认为自己是波兰王国的臣民。
1520年1月，条顿骑士团袭击弗龙堡 ，哥白尼的房子遭到破坏，他的一些天文器材可能在这个时期被毁。于是他不得不搬迁到奥尔什丁 （波兰语Olsztyn，德语名字是Allenstein，阿伦施泰因 ）。奥尔什丁也受到骑士团军队的威胁，哥白尼奉命指挥守城。他组织守军和市民修理了城防工事，储备粮草和其他物资，准备迎战敌人。
此时他手下的士兵只有100人。于是他写信给波兰国王，请求支援。但这封信被骑士团截获。不过齐格蒙特一世从其他渠道得知了奥尔什丁的困境，派来了一名捷克裔军官指挥的100名士兵。不久之后又有700名骑兵前来支援哥白尼。他还写信给埃尔宾城（Elbing，今天在波兰北部，波兰语名字是埃尔布隆格）求援，得到了一批物资和16门火炮。
1521年1月16日，骑士团军队杀到，有400步兵、600重骑兵、400轻骑兵和若干火炮。他们炫耀武力，威吓守军，要求对方投降，被哥白尼一口拒绝。1月26日，骑士团军队发动进攻，越过冰冻的护城河，逼近城墙，企图打守军一个措手不及，但波兰士兵及时堵住了缺口。哥白尼本人可能也登上城头，指挥作战。骑士团军队被打退。2月底，更多波兰援军来到奥尔什丁，骑士团军队不得不放弃攻城。在不久之后的和谈中，哥白尼担当波兰方面的代表。
条顿骑士团变成普鲁士公国
马丁·路德引领的宗教改革在德意志风起云涌之后，新教思想也很快传到了东西两个普鲁士。哥白尼的熟人和同僚当中就有不少人皈依了新教。而条顿骑士团的最终命运与宗教改革紧密相连。
阿尔布雷希特大团长于1522年访问纽伦堡，向神圣罗马帝国诸侯请求金钱支援，结果白跑一趟。但他显然在那里受到了路德教义的很大影响。1523年初，马丁·路德专门向条顿骑士团发表声明，“请求条顿骑士团的领主们停止虚假的守贞”。
条顿骑士团是军事修会，意味着骑士们有修士的身份，是神职人员，所以根据天主教会的规矩必须守贫、守贞。但在此时，北德的很多主教已经追随路德的教导，娶妻生子。阿尔布雷希特大胆地将骑士团国世俗化，建立普鲁士公国，他本人成为首任公爵。并且他还皈依了新教。本文开始时提到的库恩海姆在普鲁士公国放弃天主教、皈依新教的过程中发挥了很大作用。值得一提的是，库恩海姆的儿媳是马丁·路德的女儿。
普鲁士的骑士、各城市和贵族决定性地支持阿尔布雷希特改信新教、结婚并将骑士团国家世俗化，波兰国王也同意了。骑士团国家的世俗化是一石二鸟，解决了两个问题：没收剩余的教会财产能让大团长偿清债务；并且东普鲁士可以被纳入波兰王国，让它与波兰国王建立和平的、互相之间没有威胁的关系。1525年4月10日，阿尔布雷希特公爵在克拉科夫向波兰国王齐格蒙特一世（也是阿尔布雷希特的舅舅）宣誓效忠。19世纪波兰民族主义画家扬·马泰伊科（Jan Matejko，1838—1893）的油画让这个场景不朽。这也是最伟大的波兰油画之一。
扬•马泰伊科的油画《普鲁士称臣》
西普鲁士当初被吸纳进波兰国家的时候就保存了很强的独立性，而东普鲁士如今融入波兰国家的程度更低。公爵维持自己的军队、货币和议会，并且有相对独立的外交政策。行政体系几乎没有任何变化，之前的法律仍然有效。
1618年，当时的普鲁士公爵没有子嗣，于是让霍亨索伦家族的另外一支，勃兰登堡选帝侯继承了普鲁士公国。于是勃兰登堡和普鲁士的命运联系在一起。这两块领土组成了近代的军事强国普鲁士王国的核心部分。
哥白尼是德意志人还是波兰人？
最后值得一提的是哥白尼的民族问题。关于哥白尼是波兰人还是德意志人，历来有很多争议，尤其是在民族主义者的圈子里。
他出生于西普鲁士，当时的西普鲁士是波兰王国的一个拥有高度自治权的地区。他的父母都是说德语的，他自己也以德语为母语。我们知道他懂波兰语，但他的著作都是拉丁文或德文的，没有波兰文作品保存至今。一个主要原因是当时的波兰文学语言还没有发展成熟。他在意大利的博洛尼亚大学读书时注册加入了“德意志学生社团”，但当时来自普鲁士或西里西亚的学生通常都加入该社团，而不管他们的民族认同。他的家族一贯反对条顿骑士团，积极支持波兰王室。但值得注意的是，西普鲁士居民同样也抵制波兰国王加强对其控制的企图，捍卫自己的自治权。
实际上，当时还没有今天人们熟悉的民族观念。英国历史学家诺曼·戴维斯（Norman Davies）指出，哥白尼和当时的大多数人一样，对民族问题大体上是不以为意的，并不用民族认同来定义自己，而是认为自己是“普鲁士人”；我们可以说哥白尼是德意志人，也可以说他是波兰人，但如果用现代民族主义者的视角来看，他既不是德意志人也不是波兰人。
